30 апреля 1884 была совершена закладка нового здания Екатеринодарского приходского духовного училища, в котором основан и 17 декабря 1886 освящён домовый Кирилломефодиевский храм. Относился к приходу Екатерининского храма. Представлял собой отдельную комнату на верхнем этаже; на крыше училища был установлен церковный купол с колоколом. С установлением советской власти в 1920 духовное заведение и храм при нём были закрыты. Во время ВОВ здание бывшего духовного училища почти целиком было разрушено, сохранился левый корпус.