Помещение для домовой церкви в здании Великолукского духовного училища спланировано вместе со зданием. Храм не был обустроен, в период Первой Мировой войны, в 1915 здание передано военно-полевому госпиталю № 413. После революции здание передавалось различным учреждениям, с 1953 — занято Великолукским сельскохозяйственным институтом (с 1957 — общежитием института). В 2015 здание передано епархии для размещения Епархиального управления. Домовая церковь обустроена в 2016 и освящена 31 июля 2016.