Кирпичная церковь над Святыми воротами, построенная в 1713 на средства ярославского купца Ф. Верещагина. Представляет собой квадратное в плане двухэтажное здание с арочным проездом в средней части. В центре расположен небольшой повышенный четверик церкви. С востока к ней примыкает прямоугольный алтарь, с запада, севера и юга — помещения келий. Проем Святых ворот обработан тремя висячими гирьками. В 1838 церковь была возобновлена на средства петербургского купца Ф. Я. Ермолаева. В 1886 с северной стороны пристроен двухэтажный протяжённый келейный корпус. В 1891 церковь перестроена — получила крыльцо с южной стороны и кокошники в неорусском стиле, в боковых помещениях на средства крестьян М. А. Кукушкиной, Ф. Д. Боброва и П. Е. Басариной размещены два придела: первый — Ильи Пророка и равноап. Мариамны; второй — ап. Филиппа и Василия Блаженного. После закрытия монастыря у Троицкой церкви было уничтожено завершение храмовой части и приделов, заложены Святые ворота, повреждены гирьки. В настоящее время Троицкая церковь является действующим храмом — с нее началось возрождение монастыря. Завершение восстановлено.